При обновлении старой версии 1С-Битрикс возникла ошибка разных кодировок базы и таблиц. Ниже php код, который исправляет кодировку всех таблиц базы, в моем случае нужно сменить на utf8mb4

$host       = '';
$login      = '';
$password   = '';
$database   = '';
$encoding   = 'utf8mb4';
$mysqli = new mysqli($host, $login, $password, $database);
$result = $mysqli->query("select table_name from `information_schema`.tables where table_schema = '$database'");
while ($row = $result->fetch_assoc()) {
    $mysqli->query("ALTER TABLE $database.{$row['TABLE_NAME']} CONVERT TO CHARACTER SET '$encoding';");
}